Rectify raconte l'histoire de Daniel Holden, qui est libéré après 19 ans de prison, grâce à de nouvelles analyses ADN le disculpant. Il n'avait que 18 ans quand il fut condamné à mort pour le viol et le meurtre d'une jeune fille de 16 ans. Il retourne vivre auprès de sa famille, dans sa ville natale, où eut lieu le drame. Beaucoup d'habitants le croient néanmoins toujours coupable. Après avoir passé sa vie d'adulte à attendre la mort, il doit désormais réapprendre à vivre.
Ancienne flic haut gradé de la police de New York, Abigail Thomas, surnommée Tommy, devient la première femme à se retrouver à la tête de la police de Los Angeles. Pour faire appliquer la loi et régler les problèmes politiques, sociaux ou d'ordre national qui éclatent chaque jour, elle va devoir user de son honnêteté légendaire et ne pas hésiter à employer les grands moyens lorsque c'est nécessaire.