Aux temps préhistoriques, une petite tribu d’hommes‐singes installée au milieu de rochers arides lutte difficilement pour la vie. Un matin, ils trouvent devant eux une mystérieuse dalle noire monolithique. L’un des singes touche la pierre et apprend alors à se servir d’un os de quadrupède pour tuer ses ennemis. Quatre millions d’années plus tard, en 2001, un savant de l’espace, le Dr Heywood Floyd, débarque sur la lune pour examiner une dalle noire semblable à celle des singes, qui était enterrée sous la surface de l’astre. Selon les premières observations, l’objet émettrait un signal mystérieux…
2019, Los Angeles. La Terre est surpeuplée et l’humanité est partie coloniser l’espace. Les nouveaux colons sont assistés de Replicants, androïdes que rien ne peut distinguer de l'être humain. Conçus comme de nouveaux esclaves, certains parmi les plus évolués s’affranchissent de leurs chaînes et s’enfuient. Rick Deckard, un ancien Blade Runner, catégorie spéciale de policiers chargés de "retirer" ces replicants, accepte une nouvelle mission consistant à retrouver quatre de ces individus qui viennent de regagner la Terre après avoir volé une navette spatiale.
Flynn, un concepteur de jeux vidéos qui s'est vu voler ses jeux vidéos par son ex-employeur, veut à tout prix récupérer une preuve qui lui ferait valoir ses droits. Avec l'aide d'Alan et de Lora, deux de ses anciens collègues, il infiltre le MCP (Maître Contrôleur Principal), un ordinateur avide de pouvoir à l'intelligence artificielle surdévelopée. Quand ce dernier découvre que Flynn veut s'infiltrer dans ses circuits, il le téléporte dans un jeu vidéo. Pour s'évader, Flynn devra compter sur l'aide de Tron, un programme indépendant inventé par Alan.
Dans un Japon futuriste régi par l'Internet, le major Motoko Kusunagi, une femme cyborg ultra-perfectionnée, est hantée par des interrogations ontologiques. Elle appartient, malgré elle, à une cyber-police musclée dotée de moyens quasi-illimités pour lutter contre le crime informatique. Le jour où sa section retrouve la trace du 'Puppet Master', un hacker mystérieux et légendaire dont l'identité reste totalement inconnue, la jeune femme se met en tète de pénétrer le corps de celui-ci et d'en analyser le ghost (élément indéfinissable de la conscience, apparenté à l'âme) dans l'espoir d'y trouver les réponses à ses propres questions existentielles...
New York, XXIIIème siècle. Une boule de feu fonce sur la Terre. Pour l'arrêter il faut retrouver le Cinquième Élément, l'être suprême, qui associé aux quatre éléments vitaux - l'air, l'eau, le feu et la terre - peut seul repousser Le Mal. Cornélius reçoit l'aide de Korben, taxi et ancien agent secret, et de Leeloo, extraterrestre qui a pris la forme d'une jeune femme aux cheveux oranges.
Programmeur anonyme dans un service administratif le jour, Thomas Anderson devient Neo la nuit venue. Sous ce pseudonyme, il est l’un des pirates les plus recherchés du cyber‐espace. À cheval entre deux mondes, Neo est assailli par d’étranges songes et des messages cryptés provenant d’un certain Morpheus. Celui‐ci l’exhorte à aller au‐delà des apparences et à trouver la réponse à la question qui hante constamment ses pensées : qu’est‐ce que la Matrice ? Nul ne le sait, et aucun homme n’est encore parvenu à en percer les défenses. Mais Morpheus est persuadé que Neo est l’Élu, le libérateur mythique de l’humanité annoncé selon la prophétie. Ensemble, ils se lancent dans une lutte sans retour contre la Matrice et ses terribles agents…
10 ans ont passé depuis « Le Jugement dernier ». Désormais âgé de 22 ans, John Connor vit dans l'ombre, sans foyer, sans travail, sans identité. Mais les machines de Skynet parviennent à retrouver sa trace. Ils envoient alors vers le passé la T-X, une androïde nouvelle génération quasi-invulnérable, pour éliminer le futur leader de la résistance humaine mais également Kate Brewster, une jeune vétérinaire. Un autre Terminator, le T-101, est venu protéger la vie de John Connor. Ensemble, l'homme et la machine vont mener une lutte acharnée contre la T-X : de l'issue de ce combat dépendra le futur de l'humanité...
Dans une société futuriste où les êtres humains ne parviennent plus à se reproduire, l’annonce de la mort de la plus jeune personne, âgée de 18 ans, met la population en émoi. Au même moment, une femme tombe enceinte - un fait qui ne s'est pas produit depuis une vingtaine d'années - et devient par la même occasion la personne la plus enviée et la plus recherchée de la Terre. Un homme est chargé de sa protection...
Dans un XXIe siècle où la fonte des glaces a submergé la majorité des terres habitables et provoqué famines et exodes, les robots sont devenus une composante essentielle de la vie quotidienne, et assurent désormais la plupart des tâches domestiques. Pourtant, le professeur Hobby veut aller encore plus loin en créant le premier androïde sensible : un enfant capable de développer un vaste répertoire d'émotions et de souvenirs. Peu après cette annonce, David, un robot de onze ans, fait son entrée chez Henry et Monica Swinton, un couple dont le jeune fils a été cryogénisé en attendant la découverte d'un remède pour guérir sa grave maladie. Bientôt abandonné par sa mère adoptive, David entame un périlleux voyage à la recherche de son identité et de sa part secrète d'humanité.
Neo apprend à mieux contrôler ses dons naturels, alors même que Sion s'apprête à tomber sous l'assaut de l'Armée des Machines. D'ici quelques heures, 250 000 Sentinelles programmées pour anéantir notre espèce envahiront la dernière enclave humaine de la Terre. Mais Morpheus galvanise les citoyens de Sion en leur rappelant la Parole de l'Oracle : il est encore temps pour l’Élu d'arrêter la guerre contre les Machines. Tous les espoirs se reportent dès lors sur Neo. Au long de sa périlleuse plongée au sein de la Matrix et de sa propre destinée, ce dernier sera confronté à une résistance croissante, une vérité encore plus aveuglante, un choix encore plus douloureux que tout ce qu'il avait jamais imaginé.
La longue quête de liberté des rebelles culmine en une bataille finale explosive. Tandis que l'armée des Machines sème la désolation sur Sion, ses citoyens organisent une défense acharnée. Mais pourront-ils retenir les nuées implacables des Sentinelles en attendant que Neo s'approprie l'ensemble de ses pouvoirs et mette fin à la guerre ? L'agent Smith est quant à lui parvenu à prendre possession de l'esprit de Bane, l'un des membres de l'équipage de l'aéroglisseur. De plus en plus puissant, il est désormais incontrôlable et n'obéit plus aux Machines : il menace de détruire leur empire ainsi que le monde réel et la Matrice...
À New York, en 1899, Alexander Hartdegen, un brillant physicien de l'Université de Columbia, fait la connaissance d'Emma, une charmante demoiselle dont il tombe follement amoureux. Un soir, dans Central Park, il trouve le courage de lui déclarer sa flamme et de lui offrir une bague de fiançailles. Un voleur tente alors de dérober le fameux bijou, mais Emma ne se laisse pas faire. Un coup de feu retentit, la malheureuse s'effondre et meurt dans les bras d'Alexander. Refusant cette triste fatalité, celui-ci consacre tout son savoir et toute son énergie à construire une machine à explorer le temps afin d'altérer le cours des événements et ainsi sauver la vie de sa bien-aimée. Alexander embarque à l'insu de tous pour ce voyage de la dernière chance et se voit bientôt propulsé dans le XXIe siècle.
Le Docteur Kate Forster s'apprête à entamer une nouvelle carrière et une nouvelle vie dans un grand hôpital de Chicago. Son seul regret: abandonner la superbe maison qu'elle avait louée sur les berges d'un lac de l'Illinois... Avant de partir, elle laisse un mot à l'attention du prochain occupant, pour lui demander de faire suivre son courrier et lui indiquer que les empreintes de pattes qui maculent la jetée et le seuil de la maison étaient déjà là avant qu'elle n'y emménage. En prenant possession des lieux, l'architecte Alex Wyler a un choc: la maison, poussiéreuse, sale, ne ressemble en rien à l'image qu'il s'en faisait. Et pas la moindre trace de pattes... Des années plus tôt, Alex avait occupé cette résidence familiale, construite par son père. Il décide de la restaurer sans prêter davantage attention au mystérieux message de Kate...
En 2018, après l'apocalypse qui a vu s'affronter les hommes et les robots, John Connor est devenu le chef de la résistance humaine contre Skynet et son armée de Terminators. Sa vision du monde est pourtant remise en cause par l'apparition de Marcus Wright, un inconnu qui se souvient seulement de s'être trouvé dans le quartier des condamnés à mort. Connor doit découvrir si Marcus a été envoyé du futur ou s'il est un rescapé du passé. Alors que Skynet prépare l'assaut final, Connor et Marcus s'engagent dans une odyssée qui va les mener au cœur même des opérations de Skynet. Ils y perceront le terrible secret qui se cache derrière l'annihilation programmée de l'humanité tout entière...