Will Travers est un analyste à l'American Policy Institute (API), une agence gouvernementale se cachant derrière un centre de recherche de New York. Une perte tragique va le pousser à soupçonner une conspiration à grande échelle prenant place dans les lieux où il travaille...

En 1988, deux astronautes, Alan Virdon et Peter Burke, sont happés par une distorsion temporelle et atterrissent en 3085 sur la Terre. Une époque où la modernité n'existe plus et la race des singes a pris le contrôle de la planète, reléguant l'espèce humaine à l'esclavage et à des tâches subalternes. Jugés dangereux, Virdon et Burke sont pris en chasse par Urko, un gorille particulièrement violent qui déteste les humains. Avec l'aide de Galen, un chimpanzé scientifique, ils deviennent des fugitifs, obligés de parcourir ce monde étrange pour tenter de le comprendre.