Coal Hill Academy est l'école que la petite-fille du premier Docteur fréquentait en 1963 et dont Clara était enseignante. Elle accueille aujourd’hui une génération d’élèves qui se retrouvent à devoir affronter les monstres qui traversent une faille spatio-temporelle qui s’est formée dans l’institution. A la Coal Hill Academy, les étudiants se préparent pour leur Bal d'Automne, mais quand l'école est attaquée, quatre étudiants isolés forment une alliance improbable pour vaincre la menace. Toutefois, ce n'est que le début... Charlie, April, Ram et Tanya, assistés par leur professeur de science Mlle Quill, sont chargés d'une grande responsabilité par le mystérieux alien connu sous le nom de Docteur : Protéger le monde contre les créatures cauchemardesques qui ne veulent rien de plus que de venir sur Terre, afin d'en faire leur planète !
La série suit une enquête du Service de police d'Irlande du Nord (PSNI en anglais pour Police Service of Northern Ireland) sur une série de meurtres récents. Après 28 jours d'investigations sans résultats, la PSNI fait appel au Superintendant Stella Gibson de la Metropolitan Police Service pour réexaminer le dossier.
Lorsqu’il apprend l'existence d'une invasion clandestine de la Terre par une faction de Skrulls métamorphes, Nick Fury rejoint ses alliés – parmi lesquels Everett Ross, Maria Hill et le Skrull Talos, qui s'est établi pacifiquement sur Terre – pour se lancer à leurs côtés dans une course contre la montre. Un seul but les anime : contrecarrer par tous les moyens cet envahissement imminent et sauver l'humanité.