Rectify raconte l'histoire de Daniel Holden, qui est libéré après 19 ans de prison, grâce à de nouvelles analyses ADN le disculpant. Il n'avait que 18 ans quand il fut condamné à mort pour le viol et le meurtre d'une jeune fille de 16 ans. Il retourne vivre auprès de sa famille, dans sa ville natale, où eut lieu le drame. Beaucoup d'habitants le croient néanmoins toujours coupable. Après avoir passé sa vie d'adulte à attendre la mort, il doit désormais réapprendre à vivre.

Qu'ont en commun des officiers de la marine, une famille de San Diego, l'Institut Océanographique de Monterey et des pêcheurs dans le Golfe du Mexique ? Leur découverte : une nouvelle forme de vie sous-marine, mystérieuse et à première vue amicale. Mais, cette rencontre du Troisième Type est-elle si innocente ou annonce-t-elle plutôt un grand désastre pour l'Humanité ?