Argonville, une cité kryptonienne qui a été transportée dans "l'espace du dedans", un univers de poche, peu après la destruction de Krypton, a perdu sa principale source d’énergie, l’omégaèdre, par la faute de la jeune Kara. Celle-ci traverse la "chute binaire" qui mène de l'espace du dedans au grand espace et vient sur la Terre pour récupérer cette boule magique créée par Zaltar et tombée entre-temps aux mains de la sorcière Selena, qui veut utiliser sa puissance pour dominer le monde. En attendant de pouvoir localiser l'omégaèdre, Kara s'intègre aux humains en s'inscrivant au collège sous le nom de Linda Lee. Peu après, Selena cherche à enlever un jeune homme du nom d'Ethan, afin qu'il tombe amoureux d'elle. C'est alors que Kara se change en Supergirl et le sauve.
Un mystérieux signal est lance de l'espace. Sur Terre, dans le désert d'Arizona, des fourmis noires d'une espèce inconnue attaquent les humains. Au cours de ses observations en Arizona, l'entomologiste Ernest D. Hubbs est intrigué par une variété inconnue de fourmis noires, qui élimine un à un ses prédateurs. Un phénomène contre-nature qu'il décide d'étudier avec la collaboration de son assistant, James Lesko, spécialiste du langage animal. Tous deux installent sur place un laboratoire ultramoderne et entament une série d'expériences, non sans avoir évacué la région. Mais un couple de vieillards, les Eldridge, refuse d'abandonner la ferme qu'il occupe avec sa petite fille, Kendra...