Des individus avec des capacités neurologiques hors du commun, les Alphas, sont recrutés par une section secrète du gouvernement, le DCIS (« Defense Crime Investigative Service », soit littéralement « Service d'Enquêtes Criminelles de la Défense ») afin d'œuvrer pour le bien-être de la société et arrêter les Alphas mal intentionnés…Leur principal ennemi est le groupe terroriste « Red Flag », (« Drapeau rouge » en version Francophone) qui milite pour la reconnaissance et l'indépendance des Alphas. Il utilise le meurtre et les assassinats pour arriver à ses fins.
Toronto 1892. William Murdoch est un jeune et brillant inspecteur qui résout des enquêtes criminelles à l'aide de techniques scientifiques d'avant garde, de l'analyse des empreintes au premier détecteur de mensonges. Son approche originale suscite les moqueries de ses collègues policiers et le scepticisme de son supérieur, mais William Murdoch est souvent le seul à trouver la piste du criminel. Sa meilleure alliée est Julia Ogden, ravissante médecin pathologiste, à l'esprit vif, qui n'a de cesse de se battre contre les préjugés de la société.
En 1973, l'agent John Bentley, envoyé à Berlin pour une mission de la CIA, a été capturé par le KGB et placé sous le programme expérimental Tsikada pour prendre le contrôle de son esprit... De nos jours, l'Opération Treadstone, le programme de conversion secret de la CIA qui a façonné Jason Bourne, a été réinitialisé. Partout dans le monde, des agents dormants, qui ont vécu durant des années dans l'ombre tels des citoyens ordinaires, sont "réveillées" et affectés à de dangereuses missions. Parmi eux, Doug Mckenna, ouvrier américain sur une plateforme pétrolière dans l'Arctique, et Soyun Pak, mère et épouse sans histoire en Corée du Nord, se découvrent d'incroyables capacités de combat.
Divers personnages, connus et inconnus, doivent faire face à la résurgence du mal en Terre du Milieu. Des profondeurs des Montagnes de Brume aux forêts majestueuses du Lindon, de l'île des Rois de Númenor aux contrées les plus éloignées du monde, ces royaumes et personnages vont forger un héritage qui demeurera bien après leur disparition.