Pendant la Seconde Guerre mondiale, au coeur de l'Océan Pacifique. Le navire de guerre USS Belinda a reçu pour mission d'effectuer des débarquements de troupes américaines sur certaines îles occupées par les forces japonaises. Le capitaine Hawks, commandant du bateau, doit choisir son itinéraire avec soin, car les troupes ennemies contrôlent tous les points stratégiques. La tension monte au fur et à mesure que les opérations périlleuses se multiplient. Bientôt, le Belinda est attaqué par des pilotes kamikazes...

Jake Foley travaille à la maintenance informatique à la NSA. À la suite d'un accident dans un laboratoire de l'agence, il est contaminé par des nanites qui lui donnent une force surhumaine et la faculté d'interagir par la pensée avec tous les équipements informatiques. Doté de ses nouvelles capacités hors du commun, Jake est alors intégré dans une nouvelle équipe d'opérations spéciales et devient un vrai agent secret.

Rejetés par la société, les mutants sont contraints de vivre dans la clandestinité. L'un d'entre eux, le professeur Charles Xavier, crée un institut pour mutants leur permettant ainsi de vivre une vie normale tout en développant leurs pouvoirs. L'idéal du Professeur Xavier se heurte à l'opposition farouche de la population et à des groupes extrémistes non dotés du facteur X, mais également à d'autres super mutants qui méprisent le dialogue et la condition humaine. Le combat pour la protection de l'humanité commence... Adaptation en série animée des célèbres comic's Books "X-men" de 1963 créé par Stan Lee et Jack Kirby