Jérémie, Aelita, Yumi, Ulrich, Odd et William retournent à leur vie quotidienne d'élèves du Collège Kadic. Mais XANA, le programme multi-agents qui était devenu leur ennemi mortel et qu'ils étaient parvenus à détruire dans leurs précédentes aventures, réapparaît. Les Lyoko Guerriers réactivent le supercalculateur afin de retourner sur Lyoko, découvrir les raisons de cette réapparition et y mettre un terme avant que la Terre ne soit de nouveau menacée.

La baie de Sète. Une violente explosion. Au milieu du chaos, une mère cherche son fils. Etait-il sur l’un des bateaux qui se sont percutés ? Aurait-il participé à ce qui apparaît très vite comme un meurtre ? Prête à tout pour protéger son enfant, sa vie bascule complètement lorsque l’on retrouve sur une plage le corps d’une femme, sa propre sœur, qu’elle n’a pas revue depuis plus de quinze ans…