Au 25ème siècle, les gens du futur vivent dans une société totalitaire. Un technicien nommé THX 1138 mène une vie banale entre le travail et la consommation contrôlée de drogues que le gouvernement utilise pour transformer les gens en marionnettes. Tandis que THX ne prend plus sa drogue pour la première fois, il éprouve alors des sentiments pour une femme et ils commencent une relation secrète.

Durant des années, trois adolescentes ont passé leur été ensemble. Mais la vie les a séparées peu à peu.

Fox Mulder est un agent du FBI. Attiré par les phénomènes paranormaux et les croyances parfois irrationnelles, il s'intéresse aux affaires non classées, certaines relevant du paranormal. On lui adjoint une partenaire, Dana Scully, médecin et beaucoup plus adepte de la logique cartésienne. Mulder, obsédé par la disparition de sa sœur, est persuadé qu'elle a été enlevée par des aliens. Les deux agents vont ainsi entrevoir les grandes lignes de complots et autres théories de la conspiration...