Une jeune femme, libre et indépendante, passagère d'une voiture-couchettes du train phocéen de nuit Marseille-Paris est retrouvée étranglée. L'enquête est confiée à la police judiciaire, à l'inspecteur Grazziani et son jeune assistant Jean-Lou Gabert. Alors qu'ils s'emploient à retrouver les autres occupants du même compartiment, pour les auditionner, ceux-là sont assassinés tour à tour. Le commissaire Tarquin somme les inspecteurs de mettre fin rapidement à cette vague de crimes. Détail étrange : le tueur est plus rapide que la police pour retrouver ses potentielles victimes, les cinq occupants survivants du compartiment. Qui est l'assassin ?
Lucien Lacombe, un jeune paysan du Sud-Ouest travaillant à la ville, retourne pour quelques jours chez ses parents en juin 1944. Son père a été arrêté par les Allemands et sa mère vit avec un autre homme. Il rencontre son instituteur, devenu résistant, à qui ii confie son désir d'entrer dans le maquis. Il essuie un refus. De retour en ville, il est arrêté par la police et après un habile interrogatoire dénonce son instituteur. Il est engagé par la Gestapo.
Suite au décès du président d'un État fictif, le procureur Henri Volney, qui s'est penché sur ce décès, refuse les conclusions de l'enquête. Il parvient à interroger un témoin qui lui dévoile la part d'ombre de cette histoire, mais les auteurs du meurtre ne souhaitent pas qu'il découvre la vérité.
Une vieille dame s’éteint dans une grande demeure du Sud-Ouest. Son fils, Milou, qui a soixante ans et qui s'occupe de la propriété, convoque pour l'enterrement son frère Georges, sa belle-sœur Lily, sa nièce Claire, sa propre fille Camille et le reste de la famille. Mais nous sommes en mai 1968. Depuis deux semaines Paris est à feu et à sang...
Le film se déroule durant l'hiver 1943, dans une France occupée. Julien qui a 12 ans, fils d'une famille bourgeoise, est pensionnaire au petit collège Saint Jean de la Croix, tenu par les pères carmes. Il retrouve le chemin de l'école sans joie après les vacances de Noël, pour le deuxième trimestre. Une rentrée presque comme les autres jusqu'à ce que le père Jean vienne présenter trois nouveaux élèves. L'un d'entre eux, le jeune Jean Bonnet, est le voisin de dortoir de Julien.