La Seconde Guerre mondiale vient de s'achever. À New York, le « parrain » Don Corleone, l'un des chefs respectés de la mafia, se sent vieillir. Il refuse de s'adapter à son temps et de se lancer, comme ses pairs, dans le trafic de drogue. Une frilosité qui entrave la bonne marche des affaires des autres « familles » et qui lui vaut d'être la cible d'un attentat. Don Corleone survit à ses blessures, mais reste très diminué. Mike, son plus jeune fils, qui jusque-là se tenait à l'écart des affaires de son père, devient le plus dévoué de ses héritiers. Plus efficace que ses frères, Sonny et Fredo, il venge son père et organise l'élimination de ses adversaires…

Au XVIème siècle, Miguel de Cervantes, poète, dramaturge et acteur à temps partiel, a été arrêté, avec son valet de chambre, par l'Inquisition espagnole. Ils sont accusés de présenter une offensive de divertissement à l'Inquisition. A l'intérieur du grand donjon dans lequel ils ont été exprimés, les autres prisonniers se liguent contre Cervantes et son valet de chambre, et commencer un simulacre de procès, avec l'intention de voler ou de brûler ses biens. Cervantes veut sauver un manuscrit désespérément qu'il porte avec lui et les étapes, avec des costumes, le maquillage et la participation des autres prisonniers, une défense inhabituelle - l'histoire de Don Quichotte.

Depuis la mort de Don Vito Corleone, son fils Michael règne sur la famille. Amené à négocier avec la mafia juive, il perd alors le soutien d'un de ses lieutenants, Frankie Pentageli. Echappant de justesse à un attentat, Michael tente de retrouver le coupable, soupçonnant Hyman Roth, le chef de la mafia juive. Vito Corleone, immigrant italien, arrive à New York au début du siècle ; très vite, il devient un des caïds du quartier, utilisant la violence comme moyen de régler toutes les affaires. Seul au départ, il bâtit peu à peu un véritable empire, origine de la fortune de la famille des Corleone.