Godzilla est libéré accidentellement d'un iceberg par un sous-marin nucléaire et se dirige vers Tokyo. Une expédition découvre l'île de Faro où vit une tribu indigène vénérant le dieu Kong. Après de nombreuses péripéties, l'expédition ramène King Kong au Japon mais il réussit à s'échapper. Il se met à détruire Tokyo. Les militaires construisent un barrage de pylônes électriques à haute tension mais il résiste, car il absorbe l'électricité. Il est donc invulnérable. De son côté, Godzilla reste indestructible mais montre une vulnérabilité à l'électricité.
Pendant la Guerre du Pacifique, des membres de l'armée américaine sont victimes d'un crash aérien et se retrouvent isolés sur une île déserte. Croyant être seuls, ils découvrent alors la présence de soldats japonais, eux aussi perdus. Les deux camps s'affrontent alors à de multiples reprises mais de fil en aiguille, cet exil, loin de leur pays commun, va les transformer et rapprocher ces ennemis historiques.