À la fin des années 1980, Marcus Lopez, un jeune orphelin SDF, est admis au sein d'une mystérieuse école privée qui accueille la progéniture des criminels les plus dangereux de la planète. Dans cet établissement, les adolescents se voient enseigner l'art du meurtre, du combat ou toutes autres pratiques indispensables pour devenir le parfait criminel.
En Espagne, durant la guerre civile, Carlos, un garçon de douze ans dont le père est décédé, débarque à Santa Lucia, un établissement catholique pour orphelins. Il est remis au bons soins de Carmen, la directrice, et du professeur Casares. Mais il doit faire face à l'hostilité de ses camarades et de Jacinto, l'homme à tout faire. Par ailleurs, ce lieu hostile dissimule derrière ses murs deux secrets : l'or de la cause républicaine, et le fantôme d'un enfant qui hante le sous-sol. Carlos aperçoit dès la première nuit cet esprit errant et s'efforce de communiquer avec lui par tous les moyens. Le petit orphelin découvre très vite que ce spectre n'est autre que celui de Santi, un ancien pensionnaire de Santa Lucia disparu dans de mystérieuses circonstances.
L'agent spécial du FBI Olivia Dunham, le scientifique Walter Bishop, brillant mais anciennement interné, et son fils Peter, intrigant et réticent, découvrent un mystère mortel impliquant une série d'événements incroyables et réalisent qu'ils font peut-être partie d'un projet plus vaste et plus inquiétant qui brouille la frontière entre science-fiction et technologie.
Agent de la CIA, Stan Smith est aussi l'époux comblé de la douce Francine et le fier papa de Hayley et Steve. Le tableau est idyllique. Le problème c'est que Stan a une légère tendance à verser dans la paranoïa. Prêt à tout pour défendre son Amérique chérie et ses valeurs conservatrices, il n'hésiterait pas à tirer sur son grille-pain si celui-ci était suspecté de trahison... Rajoutez à cela la présence dans la maison des Smith de Roger, l'alien sarcastique, et de Klaus, le poisson rouge d'origine germanique, et vous aurez le portrait haut en couleurs de ce père américain si parfait !