Dès sa sortie de prison, Jake Blues est emmené par son frère Elwood chez Sœur Mary Stigmata, qui dirige l’orphelinat dans lequel ils ont été élevés. Ils doivent réunir 5 000 dollars pour sauver l’établissement, sinon c’est l’expulsion.

L'heureuse famille Freeling mène une vie tranquille et prospère dans la petite ville de Cuesta Verde. Cependant, leur maison devient le théâtre d'étranges phénomènes quand des objets commencent à se déplacer et que le sol se met à trembler. Une nuit, la petite Carol Anne disparaît et se met à communiquer avec ses parents à travers la télévision. Les Freeling font alors appel à un parapsychologue.

La famille cannibale continue ses macabres exploits dans une petite base souterraine au Texas. Leatherface a un coup de cœur pour une de ses victimes, et dans une scène, retire la peau de son ami (vivant) et la place sur son aimée pour la cacher de Drayton et Chop Top.

Teena Brandon, une jeune adolescente du Nebraska, assume mal sa condition de fille. Elle déménage à Falls City et devient Brandon, un garcon aux cheveux courts, très vite adopté par une bande de désoeuvrés. Teena-Brandon s'intègre au groupe mais reste toujours prisonnière de cette crise d'identité sexuelle qui l'a hantée sa vie entière. Elle tombe amoureuse de Lana, la petite amie de John. En découvrant la vérité sur Teena, ce dernier entre dans une rage meurtrière. D'après un fait divers authentique.