Jérémie, Aelita, Yumi, Ulrich, Odd et William retournent à leur vie quotidienne d'élèves du Collège Kadic. Mais XANA, le programme multi-agents qui était devenu leur ennemi mortel et qu'ils étaient parvenus à détruire dans leurs précédentes aventures, réapparaît. Les Lyoko Guerriers réactivent le supercalculateur afin de retourner sur Lyoko, découvrir les raisons de cette réapparition et y mettre un terme avant que la Terre ne soit de nouveau menacée.

1955 : Alain Resnais, à la demande du comité d'histoire de la Seconde Guerre mondiale, se rend sur les lieux où des milliers d'hommes, de femmes et d'enfants ont perdu la vie. Il s'agit d'Orianenbourg, Auschwitz, Dachau, Ravensbruck, Belsen, Neuengamme, Struthof. Avec Jean Cayrol et l'aide de documents d'archives, il retrace le lent calvaire des déportés.