Les enquêtes de deux policiers que tout oppose : Faraday, très à cheval sur le code de procédure, et Paul Winckler, aux méthodes peu orthodoxes.

Jérémie, Aelita, Yumi, Ulrich, Odd et William retournent à leur vie quotidienne d'élèves du Collège Kadic. Mais XANA, le programme multi-agents qui était devenu leur ennemi mortel et qu'ils étaient parvenus à détruire dans leurs précédentes aventures, réapparaît. Les Lyoko Guerriers réactivent le supercalculateur afin de retourner sur Lyoko, découvrir les raisons de cette réapparition et y mettre un terme avant que la Terre ne soit de nouveau menacée.

Nous sommes à Lyon, le soir de la Fête de la musique. C'est aussi l'anniversaire de Léa, 17 ans. Comme tant d'autres ce soir-là, Léa et sa cousine Chris sortent pour s'amuser. Mais au petit matin, Léa n'est toujours pas rentrée. Son père, Julien, décide de mener l'enquête alors que sa femme, Florence, fait tout pour maintenir un semblant de normalité. Thomas, le frère aîné, est rongé de culpabilité : il avait promis à sa mère de raccompagner Léa à la maison cette nuit-là. Mais les événements en ont décidé autrement...Inspirée de la série espagnole Desaparecida.