Encore traumatisé par la mort de Kong, Carl Denham décide de quitter définitivement New York. Il s'embarque pour une nouvelle expédition vers l'île de Kong, afin de terminer le travail qu'il n'avait pu achever lors de son précédent voyage. Une mutinerie éclate bientôt à bord du navire....

Ian Mitchell, un avocat, époux et père de famille, trouve un matin une étrange boîte devant sa maison de Los Angeles. Dedans : un pistolet chargé, la photo d'un inconnu, et un mot lui annonçant qu'il a trois jours pour le tuer...

Le détective Steve McGarrett se rend à Oahu pour enquêter sur l'assassinat de son père. Une fois sur place, le gouverneur le persuade de rester et rejoindre l'unité des forces spéciales, qui combat le crime à Hawaii...

En enquêtant sur la disparition mystérieuse de sa fiancée, Sean Walker, un homme ordinaire, se retrouve au beau milieu d'une conspiration qui implique le nouveau Président des Etats-Unis, Elias Martinez, Sophia Maguire, à la tête d'un groupe de détenus, et le père de Leila, la bien-aimée disparue de Sean. Les destins de ces protagonistes vont être amenés à se télescoper, tous embarqués dans un complot de grande envergure qui pourrait bien bouleverser le sort de l'humanité.