Les services secrets ont quelques soupçons à propos du Président des Etats-Unis qui pourrait bien n'être qu'un imposteur. Pire, il semblerait que la plupart des chefs d’état internationaux aient aussi été remplacés. Ne sachant que faire, le chef des services secrets décide de rappeller deux agents secrets hors pair mais aussi à la retraite : James T. West et Artemus Gordon.

Scooby-Doo et Sammy sont employés comme professeurs dans un collège spécialisé pour les enfants de monstres. D'abord terrorisés, nos héros finissent par s'attacher à leurs élèves et quand un groupe est enlevé par la sorcière Reevolta, ils volent à leur rescousse ...