Au 25ème siècle, les gens du futur vivent dans une société totalitaire. Un technicien nommé THX 1138 mène une vie banale entre le travail et la consommation contrôlée de drogues que le gouvernement utilise pour transformer les gens en marionnettes. Tandis que THX ne prend plus sa drogue pour la première fois, il éprouve alors des sentiments pour une femme et ils commencent une relation secrète.
En 2122, le Nostromo, vaisseau de commerce, fait route vers la Terre avec à son bord un équipage de sept personnes en hibernation et une cargaison de minerais. Il interrompt soudain sa course suite à la réception d’un mystérieux message provenant d’une planète inexplorée. Réveillé par l’ordinateur de bord, l’équipage se rend sur place et découvre les restes d’un gigantesque vaisseau extraterrestre dont le seul passager semble être mort dans d’étranges circonstances…
Zurich, 1938. Willie, une jeune chanteuse de cabaret allemande, s'éprend de Robert, un musicien juif. Le père du jeune homme, David Mendelsson, dirige une organisation juive clandestine d'aide aux réfugiés. Il voit d'un mauvais oeil la liaison de Robert et Willie. Le jeune musicien convoie régulièrement des fonds en Allemagne. Sur l'insistance de Willie, il accepte un jour de la laisser l'accompagner. Le père de Robert, trouvant là l'occasion de séparer les deux amants, fait retenir la chanteuse en Allemagne. Lorsque la guerre éclate, Willie, désemparée, se place sous la protection de Henkel, un officier SS qui lui fait enregistrer la chanson « Lili Marleen ». Le succès est immédiat. Willie devient une véritable star, parrainée par le ministère de la Culture du IIIe Reich. Elle rêve toutefois de retrouver Robert…
En 2029, après leur échec pour éliminer Sarah Connor, les robots de Skynet programment un nouveau Terminator, le T‐1000, pour retourner dans le passé et éliminer son fils John Connor, futur leader de la résistance humaine. Ce dernier programme un autre cyborg, le T‐800, et l’envoie également en 1995, pour le protéger. Une seule question déterminera le sort de l’humanité : laquelle des deux machines trouvera John la première ?
Au XXIVe siècle, une fédération musclée fait régner sur la Terre l’ordre et la vertu, exhortant sans relâche la jeunesse à la lutte, au devoir, à l’abnégation et au sacrifice de soi. Mais aux confins de la galaxie, une armée d’arachnides se dresse contre l’espèce humaine et ces insectes géants rasent en quelques secondes la ville de Buenos‐Aires. Cinq jeunes gens, cinq volontaires à peine sortis du lycée, pleins d’ardeurs et de courage, partent en mission dans l’espace pour combattre les envahisseurs. Ils sont loin de se douter de ce qui les attend.
Programmeur anonyme dans un service administratif le jour, Thomas Anderson devient Neo la nuit venue. Sous ce pseudonyme, il est l’un des pirates les plus recherchés du cyber‐espace. À cheval entre deux mondes, Neo est assailli par d’étranges songes et des messages cryptés provenant d’un certain Morpheus. Celui‐ci l’exhorte à aller au‐delà des apparences et à trouver la réponse à la question qui hante constamment ses pensées : qu’est‐ce que la Matrice ? Nul ne le sait, et aucun homme n’est encore parvenu à en percer les défenses. Mais Morpheus est persuadé que Neo est l’Élu, le libérateur mythique de l’humanité annoncé selon la prophétie. Ensemble, ils se lancent dans une lutte sans retour contre la Matrice et ses terribles agents…
Le narrateur, sans identité précise, vit seul, travaille seul, dort seul, mange seul ses plateaux‐repas pour une personne comme beaucoup d’autres personnes seules qui connaissent la misère humaine, morale et sexuelle. C’est pourquoi il va devenir membre du Fight club, un lieu clandestin où il va pouvoir retrouver sa virilité, l’échange et la communication. Ce club est dirigé par Tyler Durden, une sorte d’anarchiste entre gourou et philosophe qui prêche l’amour de son prochain.
10 ans ont passé depuis « Le Jugement dernier ». Désormais âgé de 22 ans, John Connor vit dans l'ombre, sans foyer, sans travail, sans identité. Mais les machines de Skynet parviennent à retrouver sa trace. Ils envoient alors vers le passé la T-X, une androïde nouvelle génération quasi-invulnérable, pour éliminer le futur leader de la résistance humaine mais également Kate Brewster, une jeune vétérinaire. Un autre Terminator, le T-101, est venu protéger la vie de John Connor. Ensemble, l'homme et la machine vont mener une lutte acharnée contre la T-X : de l'issue de ce combat dépendra le futur de l'humanité...
Neo apprend à mieux contrôler ses dons naturels, alors même que Sion s'apprête à tomber sous l'assaut de l'Armée des Machines. D'ici quelques heures, 250 000 Sentinelles programmées pour anéantir notre espèce envahiront la dernière enclave humaine de la Terre. Mais Morpheus galvanise les citoyens de Sion en leur rappelant la Parole de l'Oracle : il est encore temps pour l’Élu d'arrêter la guerre contre les Machines. Tous les espoirs se reportent dès lors sur Neo. Au long de sa périlleuse plongée au sein de la Matrix et de sa propre destinée, ce dernier sera confronté à une résistance croissante, une vérité encore plus aveuglante, un choix encore plus douloureux que tout ce qu'il avait jamais imaginé.
La longue quête de liberté des rebelles culmine en une bataille finale explosive. Tandis que l'armée des Machines sème la désolation sur Sion, ses citoyens organisent une défense acharnée. Mais pourront-ils retenir les nuées implacables des Sentinelles en attendant que Neo s'approprie l'ensemble de ses pouvoirs et mette fin à la guerre ? L'agent Smith est quant à lui parvenu à prendre possession de l'esprit de Bane, l'un des membres de l'équipage de l'aéroglisseur. De plus en plus puissant, il est désormais incontrôlable et n'obéit plus aux Machines : il menace de détruire leur empire ainsi que le monde réel et la Matrice...
En 2018, après l'apocalypse qui a vu s'affronter les hommes et les robots, John Connor est devenu le chef de la résistance humaine contre Skynet et son armée de Terminators. Sa vision du monde est pourtant remise en cause par l'apparition de Marcus Wright, un inconnu qui se souvient seulement de s'être trouvé dans le quartier des condamnés à mort. Connor doit découvrir si Marcus a été envoyé du futur ou s'il est un rescapé du passé. Alors que Skynet prépare l'assaut final, Connor et Marcus s'engagent dans une odyssée qui va les mener au cœur même des opérations de Skynet. Ils y perceront le terrible secret qui se cache derrière l'annihilation programmée de l'humanité tout entière...