Dévastée par l'anarchie sociale et la peste, l'Amérique du 21ème siècle est plongée dans un cauchemar barbare. Seul Pearl Prophet, une magnifique mi-humaine / mi-robot, a les connaissances nécessaires pour développer un vaccin. Mais Pearl est capturée par des pirates cannibales qui veulent garder l'antidote pour eux... et dominer la Terre ! Seuls les talents de combattant de Gibson Richenbaker peuvent la sauver. Et, avec elle, le reste de la civilisation.
En voulant arrêter en 1996 le psychopathe Simon Phoenix, le sergent John Spartan se rend coupable d'homicide par imprudence et est condamné à l'hibernation, tout comme Phoenix. Ce dernier s'évade en 2032 et se révèle trop fort pour une civilisation où le crime a disparu. Seule chance de l'arrêter : un flic des années 1990... John Spartan.
1869, pour neutraliser son plus puissant ennemi, le démoniaque et richissime Dr Arliss Loveless, le président des États-Unis désigne deux agents spéciaux, James West et Artemus Gordon, choisis pour leurs compétences exceptionnelles. Si James West est un champion de l'humour à froid, charmeur et rusé, Artemus, lui, prône la réflexion et passe son temps à inventer des gadgets sophistiqués. Quelque peu rivaux, les deux agents vont devoir unir leur talent pour capturer l'infâme Loveless. Rita Escobar, belle et mystérieuse artiste, se joint à eux.
Dans un immense laboratoire souterrain, ont lieu des recherches ultras secrètes, supervisées par des centaines de scientifiques. Lorsque l'alarme retentit, tout le monde croit à une simple simulation d'évacuation. Mais bientôt, l'horreur les rattrape. Un virus hautement mortel se propage à un rythme effréné dans les couloirs : en quelques minutes, il met fin à toute vie humaine. Au même moment, Alice se réveille dans un somptueux manoir. Ignorant comment elle a pu atterrir là, elle fait la rencontre de Matt, un policier. Avant même qu'ils n'aient pu trouver une explication logique à ces phénomènes étranges, un groupe d'intervention militaire, les S.T.A.R.S, débarque de nulle part et les oblige à les suivre. Ces derniers ont reçu l'ordre d'infiltrer le laboratoire et de neutraliser la Reine Rouge, le super-ordinateur devenu fou que l'on tient pour responsable du désastre.
Programmeur anonyme dans un service administratif le jour, Thomas Anderson devient Neo la nuit venue. Sous ce pseudonyme, il est l’un des pirates les plus recherchés du cyber‐espace. À cheval entre deux mondes, Neo est assailli par d’étranges songes et des messages cryptés provenant d’un certain Morpheus. Celui‐ci l’exhorte à aller au‐delà des apparences et à trouver la réponse à la question qui hante constamment ses pensées : qu’est‐ce que la Matrice ? Nul ne le sait, et aucun homme n’est encore parvenu à en percer les défenses. Mais Morpheus est persuadé que Neo est l’Élu, le libérateur mythique de l’humanité annoncé selon la prophétie. Ensemble, ils se lancent dans une lutte sans retour contre la Matrice et ses terribles agents…
Dans un XXIe siècle où la fonte des glaces a submergé la majorité des terres habitables et provoqué famines et exodes, les robots sont devenus une composante essentielle de la vie quotidienne, et assurent désormais la plupart des tâches domestiques. Pourtant, le professeur Hobby veut aller encore plus loin en créant le premier androïde sensible : un enfant capable de développer un vaste répertoire d'émotions et de souvenirs. Peu après cette annonce, David, un robot de onze ans, fait son entrée chez Henry et Monica Swinton, un couple dont le jeune fils a été cryogénisé en attendant la découverte d'un remède pour guérir sa grave maladie. Bientôt abandonné par sa mère adoptive, David entame un périlleux voyage à la recherche de son identité et de sa part secrète d'humanité.
À l'heure où la génétique a fait d'énormes progrès, éradiquant les maladies et mettant fin aux famines, le pilote d'hélicoptère Adam Gibson est quelque peu perplexe quant à l'évolution du monde. Il l'est encore plus quand il découvre chez lui son clone en train de fêter son anniversaire avec sa famille…
Neo apprend à mieux contrôler ses dons naturels, alors même que Sion s'apprête à tomber sous l'assaut de l'Armée des Machines. D'ici quelques heures, 250 000 Sentinelles programmées pour anéantir notre espèce envahiront la dernière enclave humaine de la Terre. Mais Morpheus galvanise les citoyens de Sion en leur rappelant la Parole de l'Oracle : il est encore temps pour l’Élu d'arrêter la guerre contre les Machines. Tous les espoirs se reportent dès lors sur Neo. Au long de sa périlleuse plongée au sein de la Matrix et de sa propre destinée, ce dernier sera confronté à une résistance croissante, une vérité encore plus aveuglante, un choix encore plus douloureux que tout ce qu'il avait jamais imaginé.
La longue quête de liberté des rebelles culmine en une bataille finale explosive. Tandis que l'armée des Machines sème la désolation sur Sion, ses citoyens organisent une défense acharnée. Mais pourront-ils retenir les nuées implacables des Sentinelles en attendant que Neo s'approprie l'ensemble de ses pouvoirs et mette fin à la guerre ? L'agent Smith est quant à lui parvenu à prendre possession de l'esprit de Bane, l'un des membres de l'équipage de l'aéroglisseur. De plus en plus puissant, il est désormais incontrôlable et n'obéit plus aux Machines : il menace de détruire leur empire ainsi que le monde réel et la Matrice...
À New York, en 1899, Alexander Hartdegen, un brillant physicien de l'Université de Columbia, fait la connaissance d'Emma, une charmante demoiselle dont il tombe follement amoureux. Un soir, dans Central Park, il trouve le courage de lui déclarer sa flamme et de lui offrir une bague de fiançailles. Un voleur tente alors de dérober le fameux bijou, mais Emma ne se laisse pas faire. Un coup de feu retentit, la malheureuse s'effondre et meurt dans les bras d'Alexander. Refusant cette triste fatalité, celui-ci consacre tout son savoir et toute son énergie à construire une machine à explorer le temps afin d'altérer le cours des événements et ainsi sauver la vie de sa bien-aimée. Alexander embarque à l'insu de tous pour ce voyage de la dernière chance et se voit bientôt propulsé dans le XXIe siècle.
Alice a survécu à l'effroyable cauchemar qui a dévasté le complexe scientifique ultra-secret d'Umbrella Corporation, mais elle n'est pas la seule à en être ressortie... Un virus mortel s'est abattu sur la ville de Raccoon et rien ne semble pouvoir lui échapper. Avec un groupe de survivants, Alice, dont le métabolisme a mystérieusement été modifié, doit affronter le pire. Certes, elle a gagné de nouveaux pouvoirs, elle est plus puissante, ses sens sont surmultipliés et sa dextérité est hallucinante, mais ça ne sera pas forcément suffisant... Elle est rejointe dans son combat par Jill Valentine, un ancien membre des forces spéciales d'Umbrella. Ensemble, elles vont tenter de résoudre les énigmes et faire face à une force maléfique, un ennemi absolu lancé sur leurs traces. Son nom ? Némésis. Son but ? Éliminer toute vie...