John McClane, policier new‐yorkais, est venu rejoindre pour les fêtes de Noël sa femme Holly, dont il est séparé depuis plusieurs mois, dans le secret espoir d’une réconciliation. Celle‐ci est cadre dans une multinationale japonaise, la Nakatomi Corporation. Son patron, M. Takagi, donne une soirée en l’honneur de ses employés, à laquelle assiste McClane. Tandis qu’il s’isole pour téléphoner, un commando investit l’immeuble et coupe toutes les communications avec l’extérieur.
Frank Farmer, ancien agent des services secrets, est un garde du corps émérité qui a mis ses talents à la disposition de deux présidents et de nombreux financiers et politiciens de réputation internationale. Un jour, l'impresario Bill Devaney lui propose un contrat avantageux pour assurer la protection de sa cliente Rachel, comédienne et chanteuse en pleine ascension, menacée par un fan inconnu.
Pour conclure sa carrière, l’inspecteur Somerset, vieux flic blasé, tombe à sept jours de la retraite sur un criminel peu ordinaire. John Doe, c’est ainsi que se fait appeler l’assassin, a décidé de nettoyer la société des maux qui la rongent en commettant sept meurtres basés sur les sept péchés capitaux : la gourmandise, l’avarice, la paresse, l’orgueil, la luxure, l’envie et la colère.
Chargés de protéger la Terre de toute infraction extraterrestre et de réguler l’immigration intergalactique sur notre planète, les Men in black ou MIB opèrent dans le plus grand secret. Vêtus de costumes sombres et équipés des toutes dernières technologies, ils passent inaperçus aux yeux des humains dont ils effacent régulièrement la mémoire récente : la présence d’aliens sur notre sol doit rester secrète. Récemment séparé de son vieux partenaire, retourné à la vie civile sans aucun souvenir de sa vie d’homme en noir, K, le plus expérimenté des agents du MIB décide de former J, un jeune policier. Ensemble, ils vont afronter une nouvelle menace : Edgar le cafard…
En quatre années passées à protéger la Terre de toutes sortes d’invasions extraterrestres, l’agent J, qui travaille secrètement au quartier général des Men in Black, n’a toujours pas trouvé de partenaire avec qui faire équipe. À la suite d’un crime étrange impliquant des extraterrestres, l’agence découvre l’existence d’un redoutable complot menaçant notre planète. Serleena, une maléfique séductrice qui a pris l’apparence d’un top‐model en lingerie fine, est prête à tout pour accomplir son sinistre dessein. J a absolument besoin des services de K, son ancien partenaire qui n’a plus aucun souvenir des MIB et travaille dorénavant à la Poste. J va devoir par tous les moyens le faire sortir de sa retraite.
Kelly Van Ryan, une belle jeune fille fortunée, est éperdument amoureuse de Sam Lombardo , son conseiller d'orientation au lycée de Blue Bay. Après avoir lavé la jeep de Sam pour collecter des fonds pour l'école, Kelly se glisse dans la maison de Sam, bien décidée à le séduire... Le lendemain, Kelly avoue en pleurs à sa mère, Sandra, que Sam l'a violée. Quelques jours plus tard, Suzie Toller, qui ferait n'importe quoi pour être acceptée par la haute société de Blue Bay, prétend à son tour que Sam l'avait aussi déjà violée. Affolé, Sam consulte Ken Bowden, le seul avocat qu'il trouve prêt à le défendre. Bientôt, le scandale semble toucher toute la communauté de Blue Bay, de Tom Baxter, un avocat aisé dont la fille, Barbara, est la petite amie actuelle de Sam, jusqu'à Ruby, la propriétaire d'un bar débauché. La tension semble encore s'intensifier, tandis que les inspecteurs Ray Duquette et Gloria Perez poursuivent leur enquête. Rien ne semble plus sacré à Blue Bay.
Programmeur anonyme dans un service administratif le jour, Thomas Anderson devient Neo la nuit venue. Sous ce pseudonyme, il est l’un des pirates les plus recherchés du cyber‐espace. À cheval entre deux mondes, Neo est assailli par d’étranges songes et des messages cryptés provenant d’un certain Morpheus. Celui‐ci l’exhorte à aller au‐delà des apparences et à trouver la réponse à la question qui hante constamment ses pensées : qu’est‐ce que la Matrice ? Nul ne le sait, et aucun homme n’est encore parvenu à en percer les défenses. Mais Morpheus est persuadé que Neo est l’Élu, le libérateur mythique de l’humanité annoncé selon la prophétie. Ensemble, ils se lancent dans une lutte sans retour contre la Matrice et ses terribles agents…
Neo apprend à mieux contrôler ses dons naturels, alors même que Sion s'apprête à tomber sous l'assaut de l'Armée des Machines. D'ici quelques heures, 250 000 Sentinelles programmées pour anéantir notre espèce envahiront la dernière enclave humaine de la Terre. Mais Morpheus galvanise les citoyens de Sion en leur rappelant la Parole de l'Oracle : il est encore temps pour l’Élu d'arrêter la guerre contre les Machines. Tous les espoirs se reportent dès lors sur Neo. Au long de sa périlleuse plongée au sein de la Matrix et de sa propre destinée, ce dernier sera confronté à une résistance croissante, une vérité encore plus aveuglante, un choix encore plus douloureux que tout ce qu'il avait jamais imaginé.
La longue quête de liberté des rebelles culmine en une bataille finale explosive. Tandis que l'armée des Machines sème la désolation sur Sion, ses citoyens organisent une défense acharnée. Mais pourront-ils retenir les nuées implacables des Sentinelles en attendant que Neo s'approprie l'ensemble de ses pouvoirs et mette fin à la guerre ? L'agent Smith est quant à lui parvenu à prendre possession de l'esprit de Bane, l'un des membres de l'équipage de l'aéroglisseur. De plus en plus puissant, il est désormais incontrôlable et n'obéit plus aux Machines : il menace de détruire leur empire ainsi que le monde réel et la Matrice...
En 1876, le capitaine Nathan Algren vit avec les souvenirs des batailles sanglantes menées contre les Sioux. Fort de son expérience au combat, il devient conseiller militaire pour le compte de l'empereur japonais soucieux d'ouvrir son pays aux traditions et au commerce occidentaux et d'éradiquer l'ancienne caste guerrière des samouraïs. Mais ceux-ci influent sur le capitaine Algren, qui se trouve bientôt pris entre deux feux, au cœur d'une confrontation entre deux époques et deux mondes avec, pour le guider, son sens de l'honneur.